本分局為政府機關，隸屬於經濟部標準檢驗局，承總局之指揮監督，推動及辦理標準法、商品檢驗法及度量衡法之相關業務。

主要任務為執行雲林縣、嘉義縣(市)、臺南市等地區之檢驗標準提供，度量衡事務，法定商品檢驗、特約檢驗、受託試驗、管理系統驗證、正字標記管理、產品驗證（驗證登錄）、商品型式認可、工廠檢查、自願性產品驗證、技術服務、產地證明書核發及服務等相關業務。

本分局基於服務需求，設置4個服務場所，包含臺南分局本部、度政大樓、嘉義辦事處及斗六辦事處，以服務不同屬性及不同區域之民眾及廠商。

本分局設6科、4室及2辦事處，各業務單位主要職掌為：

電資產品科：電機、電子及資訊類產品檢驗業務

機械產品科：機械類產品檢驗業務

化工產品科︰化工類產品檢驗業務

度量衡科：度量衡器檢定檢查業務

報驗發證科：報驗發證、標準、資訊及個資管理等業務

市場監督科︰國內商品市場檢查、涉違規案件調查、商品安全宣導等業務

嘉義辦事處：嘉義地區報驗發證、標準、商品檢驗、度量衡及市場監督業務

斗六辦事處：雲林地區報驗發證、標準、商品檢驗、度量衡及市場監督業務

秘書室：辦理綜核文稿、機要、文書、法制、印信、出納、庶務、公共關係、研考等業務。

人事室：辦理組織、任免、考核訓練、待遇福利等業務。

政風室：辦理政風預防、查處、公務機密維護、危害或破壞事件預防等業務。

主計室：辦理歲計、會計、統計等業務。